商業會計法所訂之主管機關與公司法（公司法第五條）、商業登記法(商業登記法第六條）所規定者，大致相同。惟按商業登記法之規定，直轄市、建設局、縣(市)政府，必要時得報經經濟部核定，將其部份業務授權區（鄉、鎮、市）公所或委託直轄市、縣(市)之商業會辦理，此於商業會計法未作此設計。
※公司法第五條
本法所稱主管機關：在中央為經濟部；在直轄市為直轄市政府。
中央主管機關得委任所屬機關、委託或委辦其他機關辦理本法所規定之事項。
※商業登記法第六條
商業業務，依法律或法規命令，須經各該目的事業主管機關許可者，於領得許可文件後，方得申請商業登記。
前項業務之許可，經目的事業主管機關撤銷或廢止確定者，各該目的事業主管機關應通知商業所在地主管機關撤銷或廢止其商業登記或部分登記事項。
